Authors: Mentenich, Nicole
Title: Statistische Modellierung von Dosis-Expressionskurven für einzelne Gene und für Gengruppen
Language (ISO): de
Abstract: Der Ausdruck der Dosis-Expressionskurve leitet sich her von dem Begriff der Dosis-Wirkungskurven: Mit Microarray-Chips erhobene Genexpressionswerte werden in Abhängigkeit von der Konzentration einer zugegebenen Chemikalie durch eine log-logistische Funktion modelliert. Aus der Modellkurve kann anschließend die sogenannte ALEC als Konzentration zu einem vorgegebenen Effekt-Level berechnet werden. Dies dient der Aufdeckung von Konzentrationen mit differentieller Genexpression. Um über die Aktivierung von gesamten Gengruppen zu bestimmten biologischen Prozessen entscheiden zu können, sollen diese ALEC-Werte zudem mit einem Mixed-Effects Modell oder einer Meta-Analyse zusammengefasst werden. Anhand eines konkreten Datensatzes werden diese Methoden erprobten induktiven Verfahren gegenübergestellt, der Limma-Methode auf Genebene und der Enrichment-Analyse auf Ebene der Gengruppen: Das log-logistische Modell liefert im Gegensatz zu Limma stetig messbare ALEC-Schätzer und erkennt einen Effekt daher bei einer guten Modellanpassung tendenziell früher. Eine Zusammenfassung der ALEC-Werte über Gengruppen kann allerdings nur für solche Gene erfolgen, bei denen der vorgegebene Effekt festgestellt wird. Somit berücksichtigt die zusammenfassende Modellierung nur einen meist geringen Anteil der Gengruppe, weswegen sie höchstens in Spezialfällen oder ergänzend zur Enrichment-Analyse herangezogen werden sollte.
URI: http://hdl.handle.net/2003/35033
http://dx.doi.org/10.17877/DE290R-17081
Issue Date: 2015-11-10
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